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Au fil de ses méandres, l'Allier offre des milieux naturels changeants, souvent qualifiés d'intérêt européen. Ces milieux, appelés habitats naturels, peuvent être classés en 4 catégories, se succédant au fil des méandres :
• eau courante et grèves (plages de sable et galets)
• prairies et prés secs à végétation rase
• boires (bras morts) et végétation humide
• forêts alluviales
Ces habitats naturels accueillent une faune et une flore très riches parmi lesquels est recensée plus d'une dizaine d'espèces d'intérêt européen.
Le cours de l'Allier sert d'axe migratoire pour des poissons comme l'emblématique Saumon atlantique (dont la souche génétique de l'Allier est unique) ou encore la Lamproie marine (poisson au corps d'anguille), la Grande Alose. Dans les airs, le Gomphe serpentin, une grosse libellule, arpente les rives de l'Allier à la recherche de sites de nourriture.
Les talus érodés de l'Allier constituent des sites de reproduction pour l'Hirondelle de rivage ou encore le magnifique Guêpier d'Europe. Les sables et galets ainsi érodés sont ensuite déposés en aval, formant des grèves, où s'installera une végétation clairsemée, adaptée aux conditions de sécheresse du sol. L'Oedicnème criard, oiseau des steppes, fréquente ces milieux, profitant de son mimétisme.
Plus loin, les prairies inondables, entretenues par le pâturage, conservent des buissons où se perche la Pie-grièche écorcheur. Certaines prairies sableuses, peuvent servir de sites de reproduction pour la Cistude d'Europe, tortue d'eau douce.

Les anciens méandres délaissés momentanément par la rivière, appelés boires, abritent parfois la très rare Marsilée à quatre feuilles, une fougère aquatique. Ces bras morts sont également utilisés par un petit poisson sédentaire, la Bouvière, qui se reproduit dans des coquilles de moules d'eau douce.
Sur les zones délaissées par l'Allier, des forêts alluviales prennent place. Constituées essentiellement par le Peuplier noir et le Saule blanc dans un premier temps, ces forêts alluviales dites à bois tendre, évoluent en vieillissant vers des forêts dites à bois dur où apparaissent les Chênes, Ormes ou Frênes. C'est en bordure de ces forêts alluviales que peuvent être observées les traces du Castor, espèce réapparue sur le site il y a moins d'une dizaine d'année.
photos : Daniel Mayerau
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